Fountains llegó a Xbox después de aproximadamente cinco años de desarrollo en solitario por John Pywell. El proyecto nació del deseo de recuperar la sensación de misterio y el diseño interconectado del primer Dark Souls, combinándolos con la exploración de un metroidvania y un sistema de combate influido por Hollow Knight.

El mundo permanecerá técnicamente abierto desde el comienzo, aunque ciertas zonas exigirán herramientas o habilidades que deberán encontrarse en otros puntos del mapa. El juego evita indicar de manera directa el objetivo y la ruta correcta, por lo que la historia, los secretos y el progreso dependen de observar el entorno y recordar obstáculos para regresar más adelante.

Pywell desarrolló el juego en Godot y tuvo que aprender pixel art durante el proceso, reemplazando parte del material inicial conforme mejoraban sus habilidades. Todo el escenario utiliza sprites planos en 2D y perspectiva forzada para producir sensación de profundidad. Aunque la producción fue individual, Travis Moberg compuso la música y ayudó a reforzar los ambientes inquietantes, tensos y tranquilos del recorrido.